OpenBabel

出典: Cheminformatics

古くから化合物データフォーマットを変換するソフトウェアとして標準的だったBabelをGPLのライセンスでC++で実装したソフトウェアです．Babelのコマンドはすべて利用できるほか，プログラミングインターフェースも備えています．(ダウンロード:[1])

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Open Babel 2.1.1 以降のインストール

OpenBabel 2.1.1からOBRubyが取り込まれたようです． なにも変更しなくてもコンパイルすればRubyから利用できます． 

% tar -xvzf openbabel-2.1.1.tar.gz
% cd openbabel-2.1.1
% ./configure
% make
% sudo make install

これだけではrubyからは使えません。ruby用のバインディングをインストールします。 

% cd scripts/ruby/
% ruby extconf.rb
% make

残念なことにそのままmake installできません。大文字に注意して手作業でコピーします。たとえばLInuxではこのようになります。 

% sudo cp openbabel.so /usr/local/lib/site_ruby/1.8/i486-linux/OpenBabel.so

python、Java、perlでも同じようにインストールできるようです。

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Rubyバインディングも含めたインストール

Open BabelにOBRubyが取り込まれたので以下の内容は不要になりました．

  • OBRubyのページのとおりです．最新のsubversionではコンパイルできませんでした．Revision 1577を指定する必要があるようです． 
Open Babel SVN trunk revision 1577.
% cd trunk
% configure ; make
% sudo make install
% sudo ldconfig
% cd OBRUBY_DIR
% ruby build.rb
% make install
  1. OpenBabel::OBMolインスタンスメソッド
  2. OpenBabel::OBAtomインスタンスメソッド
  3. OpenBabel::OBBondインスタンスメソッド
  4. OpenBabelシングルトンメソッド
  5. OpenBabel::Class
"http://chemruby.org/wiki/OpenBabel" より作成