OpenBabel::OBAtomインスタンスメソッド
出典: Cheminformatics
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add_bond
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add_edge
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average_bond_angle
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begin_bond
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begin_bonds
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begin_data
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begin_nbr_atom
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bosum
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clear
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clear_bond
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clear_coord_ptr
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count_bonds_of_order
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count_free_oxygens
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count_ring_bonds
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data_size
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decrement_implicit_valence
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delete_bond
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delete_data
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delete_residue
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do_transformations
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end_bonds
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end_data
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error
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explicit_hydrogen_count
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force_no_h
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get_angle
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get_atomic_mass
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get_atomic_num
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get_bond
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get_cidx
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get_coordinate
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get_coordinate_idx
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get_data
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get_distance
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get_exact_mass
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get_formal_charge
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get_hetero_valence
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get_hvy_valence
水素以外の原子にいくつ隣接しているかを返す．
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get_hyb
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get_idx
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get_implicit_valence
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get_isotope
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get_match
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get_new_bond_vector
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get_next_atom
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get_parent
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get_partial_charge
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get_residue
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get_spin_multiplicity
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get_type
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get_valence
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get_vector
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get_x
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get_y
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get_z
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has_alpha_beta_unsat
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has_aromatic_bond
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has_bond_of_order
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has_chiral_volume
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has_chirality_specified
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has_data
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has_double_bond
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has_no_hforced
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has_non_single_bond
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has_residue
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has_single_bond
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hash
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hto_methyl
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implicit_hydrogen_count
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increment_implicit_valence
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insert_bond
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is_amide_nitrogen
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is_anti_clockwise
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is_aromatic
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is_aromatic_noxide
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is_axial
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is_carbon
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is_carboxyl_oxygen
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is_chiral
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is_clockwise
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is_connected
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is_hbond_acceptor
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is_hbond_donor
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is_hbond_donor_h
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is_heteroatom
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is_hydrogen
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is_in_ring
この原子が環に含まれているかどうか
atom.is_in_ring # true or false
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is_in_ring_size
この原子がn員環のリングに含まれているかどうか
atom.is_in_ring(5) # true or false
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is_negative_stereo
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is_nitro_oxygen
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is_nitrogen
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is_non_polar_hydrogen
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is_not_cor_h
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is_one_four
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is_one_three
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is_oxygen
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is_phosphate_oxygen
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is_phosphorus
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is_polar_hydrogen
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is_positive_stereo
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is_sulfate_oxygen
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is_sulfur
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kbosum
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matches_smarts
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member_of_ring_count
この原子が含まれる環が何通りあるかを返す．
cyclohexane.get_atom(1).member_of_ring_count # 1
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member_of_ring_size
この原子が含まれる環の大きさを返します．is_in_ringやis_in_ring_sizeがboolなのに対してこちらは数値．
cyclohexane.get_atom(1).member_of_ring_size # 6
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method
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methods
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new_residue
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next_bond
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next_nbr_atom
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set_anti_clockwise_stereo
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set_aromatic
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set_atomic_num
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set_chiral
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set_clockwise_stereo
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set_coord_ptr
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set_data
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set_formal_charge
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set_hyb
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set_hyb_and_geom
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set_idx
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set_implicit_valence
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set_in_ring
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set_isotope
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set_match
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set_negative_stereo
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set_parent
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set_partial_charge
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set_positive_stereo
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set_residue
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set_spin_multiplicity
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set_type
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set_vector
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singleton_methods
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smallest_bond_angle
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unset_aromatic
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unset_stereo
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x
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y
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